Im Glauben das die Mitglieder der Organisation XIII nun endlich besiegt seien, feierten alle und lebten ab jetzt Friedlich. Jedoch nur für kurze Zeit. Die Organisation kam zurück. Noch stärker und noch entschlossener. Sie schafften es die Welten zu unterwerfen und die Bewohner mit Hilfe der Herzlosen zu Kontrollieren. Die Bewohner flohen in ihre Häuser und versteckten sich aus Angst. Dennoch gab es einige wenige Helden die sich trauen gegen die Organisation anzukämpfen. Darunter auch Sora, Donald und Goofy.
Werden sie es schaffen die Organisation zu besiegen und wieder Frieden herzustellen?